如果说之前的轩辕音乐的特点在于不同地点各具特色的音乐，而本作却重在优美的旋律反复变奏。虽然在前作“云和山的彼端”中已经出现了多次重复变奏的主题曲“赛特”和同样主题不同配乐的“长安一片月”与“策马奔驰”等等，然而由于轩三中优秀音乐众多，给人留下的印象不深。然而在“天之痕”中其从以“如忆玉儿曲”为代表变奏的“如梦令”、“阿仇的笛音”、“大雁岭”等诸多首曲目自游戏伊始一直贯穿在游戏的整个过程中，一股淡淡忧伤也时时缠绕在玩家的身边。虽然在编曲算不上出彩，然而“天之痕”的气氛渲染却是轩辕系列中最好的一次，连作曲者毛兽自己也时常在编曲搭配中被感动的泪流满面。