第二乐章，谐谑曲的开头部分是在神秘和声背景下小提琴、大提琴阴郁拨奏的对话，升c音不停顿的持续41小节，开始是由双簧管奏出后由小号加强。紧接着是乐队有力的齐奏一个跺脚节奏，此时乐章的主调d小调才真正确立。一个天真的旋律出乎意料的出现在双簧管上，但前面阴暗的部分马上又回来，这个奇特的谐谑曲冷冰冰的结束在d小调上。三声中段是成熟的布鲁克纳所写的唯一一个快速乐段。听上去就像对门德尔松《仲夏夜之梦》中的谐谑曲的阴暗模仿。快速乐段中间夹杂着一段非常有表情的旋律，布鲁克纳为这段旋律配上了极富魔力的和声。