《雷顿教授与魔神之笛》是《雷顿教授》系列新三部曲的第一部，游戏的故事发生在《雷顿教授与不可思议的小镇》故事的3年前，雷顿教授某日来到一个神秘的 “雾之村”，并在这里初次与鲁克少年相遇。新作中雷顿教授将与鲁克少年以及新女主人公亚裔美女莱米一同揭开“魔神传说”背后的秘密，当“恶魔之笛”吹响后将要袭击城市的神秘巨人究竟是神还是魔？