公元2012年，MU族在东京降下，当时的驻日美军和日本自卫队联合对其进行进攻并在后期使用了战术核武器，结果是惨败，MU族使用TOKYO JUPITER割断了东京与外界的一切联系。TOKYO JUPITER MU的自治领域，以东京羽田空港为直径150km的半圆形空间，由外部看类似木星而闻名，内部2300万人的人们皆误以为外部的世界灭亡而生活着，内部比外界时间流动慢6倍，由拥有蓝色血的人类MU密切支配着。西历2017年东京上空突然出现谜之侵入者，其目的一切不明，之后人类与称之为MU的敌人的超兵器战斗，地球上的国家组成了地球联合军与之对抗，但是在初期受到了MU的人形兵器的毁灭性打击，在TERRA成立之后，由于对MU的研究深入和科技发展，双方一度处于胶着状态，直到2027年，在TERRA组织的一次名为OVERLORD的渗入行动后神名绫人驾驶着RAHXEPHON投向地球联合阵线，才使这一切有所改变，旧世界毁灭新世界诞生的乐章就此开始演奏。