故事发生在距现在不远的未来，我们人类所了解的世界表面看上去并未发生太大变化，但是世界各地不断传来“异生兽”攻击吞食人类致使人员伤亡报告。 为了暗中解决这个问题，人类政府秘密联合成立了世界性防卫组织“Terrestrial Liberation Trust（国际解放机构）”，总部位于北美，简称“TLT”，其下日本支部被称为“TLT-J”。而“TLT-J第三基地”直属特种机动作战部队就是“夜袭队（Night Raider）”，他们的任务就是秘密消灭所有异生兽，而组织对于所有目击异生兽的幸存者则会消除他们的记忆，在黑暗中维护人类社会秩序。 但随着敌人异生兽的不断学习进化，导致拥有骄人战绩的夜袭队陷入苦战。此时光之巨人奈克赛斯·奥特曼突然登场并打破了这种僵局，作为奈克赛斯·奥特曼的适能者（Dunamist）：姬矢准出现在这场人类与异生兽的战斗之中，他利用相位的褶曲，制造出属于自己的战斗空间“美塔领域（Meta Field）”，在变身巨大化后，将异生兽拉入这个与世隔绝的异空间内进行战斗，在面对新型战场环境下，TLT研发出的特殊科技战机合体后也可进入本空间内进行作战。繁忙作战任务，可自从他遇到 奈克赛斯奥特曼 组织内究竟隐藏着怎样的秘 孤门和姬矢在不知不觉地不断接触中建立深厚的友谊，并一步步开始揭开这一切现实中的谜底……