奥日与黑暗森林（第一部）游戏内容： 在一片叫做Nibel的森林中有个守护神"灵魂树"。一场庞大暴风雨促成灵魂树许多孩子中的一个--Ori失踪，并被Naru认养，此后快乐地生活了许多年。灵魂树寻找Ori无果，于是使用光来呼唤Ori。Ori看到了光，但不明白是什么意思。但灵魂树的光会对黑鸟Kuro一族造成生命威胁，光杀死了3只幼鸟，Kuro只剩下一只未孵化的鸟蛋。Kuro为了保护自己的孩子，夺走了灵魂树的至宝Sein，扔到了野外。灵魂树失去了行使魔力的法器，丧失了对Nibel森林的干涉和保护能力，三个生命元素的稳定状态被打破，尼布尔森林丧失了生机。 由于Nibel森林开始枯萎凋零着，Naru被饿死，Ori再次成为孤儿，开始流浪。最后精疲力竭，即将死掉。灵魂树用最后的魔力，复活了Ori。 Ori得到了灵魂树的至宝Sein，他和Sein踏上冒险旅程，为了拯救森林和Naru，恢复三个生命元素，复活灵魂树。 森林生物Gumo出于某种目的偷走了水元素，Ori开始追他。Gumo作死把自己砸半死，Ori救了Gumo一命，Gumo将水元素还给Ori，与Ori成了为朋友。 Ori相继恢复了水元素、风元素、火元素，在荒芜废墟复活风元素的同时，发现Gumo族差不多已经因为寒冷而灭族了，活着的就剩Gumo了。与此同时Gumo回到自己族人的神殿，取回了某个魔法物品，复活了Naru。Naru一心想要再见到Ori，在Gumo的带领下外出寻找Ori。由于Ori激活了掘之山，森林开始着火。 Ori准备把Sein交还给灵魂树。这时候他被Kuro抓住了。Naru恰好在最终一刻赶到，她抱起Ori，但却无法阻止Kuro，也无法阻止这场大火。她的行为毫无理由，不计后果。Kuro被这一幕感动了，让她想起自己失去的孩子，她从复仇的狂热中惊醒，发现自己最后的孩子将被烈火包围。 为了阻止大火，为了给她最后的孩子生存的机会，Kuro选择亲自将Sein交还给灵魂树。自己被灵魂树的光烧死了。灵魂树复活了，Nibel森林也复活了。Naru、Ori、Gumo成为了一个家庭。Ori和Naru将Kuro最后一个孩子带回家中。 奥日与萤火意志（第二部）游戏内容： 本作的故事承接前作的结尾。有一天，一个新生命诞生Nibel，Naru的家中，他们为她取名为Ku，小猫头鹰Ku在奥里Ori跟伙伴的照顾下快乐成长。 然而，长大后的Ku总想着能飞起来。但是Ku一边的羽翼没有羽毛，所以飞不起来就很不开心，这时奥里跟伙伴们也开始想办法帮助Ku。 找到黑子之羽的奥里将其交给朋友Gumo，古门帮助Ku将羽毛安装在了翅膀上使其可以飞翔。于是Ku就这样承载着Ori自由飞翔，自在快乐极了。 然而事故来的很快，正在自由飞翔的Ku和Ori偏偏遇上了暴风雨，翅膀上的羽毛被暴风吹离，两个伙伴不幸双双坠落，被风暴吹散开来。故事因此开始。