在近71%的表面被海水覆盖着的蓝色星球，人类的文明伴随着海域成熟发展。而一切的平静被突然出现在海洋中的未知敌人——拥有压倒性战力的神秘敌人“塞壬”打破。为了夺回曾经的辉煌，白鹰、皇家、铁血、重樱等几大阵营联合起来成立了第三方军事组织“碧蓝航线”，奔赴战场的前线……