第一幕，在逝去的年代里，世界一度陷入失衡的状态。日和夜，阴和阳，决然的分开了。在夜的世界里，万物无法繁殖。在日的领域里，万物得不到休养生息。人类苦不堪言，却无法知道，为何世界乱了秩序？唯有认为，这是一个诅咒。第一景，流浪途中，在穿越日和夜的分界时，塔米诺王子遇到了一条凶恶的大妖龙，就在和它恶斗、力尽不支而昏迷的时候，为夜后的三位侍女所救。在这里塔米诺认识了一位天真快乐的捕飞鸟侠帕帕基诺。并从三位侍女处得知夜后的女儿帕米娜公主，由大祭司萨拉斯妥管束在日之界。此人曾经是帕米娜父亲的得力助手。当公主之父过世后，他取得大日轮。从此日夜分离。第二景，王子看到帕米娜的画像，顿生爱慕之心。立誓要救出公主。第三景，夜后把帕米娜许配给塔米诺，并赠给王子一支魔笛，也赠予帕帕基诺一具魔铃，这两件逢凶化吉的法器。另派三个仙童带路，好去救出小公主。夺回大日轮，恢复世界的秩序。第四景，美貌温柔的帕米娜公主，不堪看守摩罗的骚扰，决心出逃却不幸失败，在挣扎中昏倒。就在这时，和王子失散的帕帕基诺正好经过，他奇特的捕鸟装吓走了摩罗。帕帕基诺告诉公主，夜后找到了一位英俊勇敢的王子前来救她，帕米娜听了非常欢喜，两人一同歌颂夫妻之情的伟大。第五景，在三位仙童的引导下，塔米诺王子来到了日之界。那儿有三个入口，分别是慧（理性）、天（自然）、悟（智慧）。塔米诺试了慧之门和天之门，却被神秘的声音所斥回，王子并不就此而灰心，他接着走向悟之门，这时有一位辩者从悟走出来。辩者告诉塔米诺，萨拉斯妥并不是如王子所想的恶魔，反而是一位有大爱的圣者，正在努力恢复世界的平衡，重建人间天堂。第六景，由于夜后想要以迷信、仇恨和奴役来统治世界，帕米娜之父在死前把大日轮交给了萨拉斯妥。为了不让帕米娜公主受到夜后复仇思想的影响，所以把她留在日之界。任何人如果想要进入日之界，必须通过考验。塔米诺对辩者的话半信半疑，准备离开，但在听到神秘声音说帕米娜仍活着时，塔米诺转忧为喜。在等待中，塔米诺吹起笛子，美妙动听，林间的动物都出来共舞，令他心旷神怡，也感受了魔笛的法力。他用笛声呼唤帕米娜，而远处传来帕帕基诺的排笛声，王子便循声寻找。第七景，帕米娜和帕帕基诺听到王子的笛声更加快脚步，同笛声的方向跑去。不巧摩罗率领奴隶部下赶上前来。帕帕基诺情急之余，祭出魔铃。摩罗和奴隶们从未听过这种天音，乐得手舞足蹈。与被铃声所引来的动物一起载歌载舞离场。第八景，两人才刚松了一口气。不巧又碰上萨拉斯妥视察。帕帕基诺吓得四处躲藏，公主则决定从实道出逃跑原因。萨拉斯妥宽恕了帕米娜，但还是不准她回夜之界去见夜后。这时辩者带领塔米诺到来，虽然素昧平生，然而俩人心有灵犀且一见钟情，立即相拥在一起，互许了终身。