第三乐章，谐谑曲，快板。贝多芬在这一乐章没有使用传统的小步舞曲，而是用节拍相同、风格却大相径庭的谐谑曲。这一历史性的举动后来成为了惯例。主题快而有力，但并不粗鲁，被柏辽兹称赞为“永恒的光荣、爱与热情”，并比喻为仙王奥白朗手下的精灵。 该乐章调性和配器都多有变化，包括一段专为双簧管和巴松管的重奏而作的曲调，还加上了典型而有趣的奥地利舞曲。第一乐章里的五个音组成的节奏也在一个插段重现，结尾直截了当地进入第四乐章。