《哈利路亚》大合唱，这首著名的大合唱是第二部分的终曲，也是全剧的高潮。该曲以主调和声为主，中间穿插一些复调段落。由于织体不断变换，而使音乐高潮迭起，层层深入。乐曲一开始是一段宏伟的颂歌，主题建立在三和弦基础上，节奏明快，和声坚实，唱出了对救世主的光荣伟大的赞颂感情。接着是一个和声和复调综合交替的段落。它的主题包含两个材料：一个是节奏舒展，旋律以级进为主，音乐富有庄严肃穆的意味；另一个节奏轻快，旋律简洁，带有纵情歌唱的情趣。主题以主调和声的形式在不同的高度出现两次，然后分别把两个材料作为对位素材加以展衍，使音乐出现第一个高潮。然后是一个过渡性的段落，歌词大意是“世上万国万邦必成为我主基督的国”。音乐荡然飘逸，轻柔而又神圣。它的旋律先是级进下行，然后是一个十三度大跳，仿佛是象征着尘世到天国之间相隔遥远，具有开阔的空间感，而这一切都是由神主宰的。再接着是一个戏剧性段落，它包含着三个部分。第一部分是十一小节的赋格段，主题由男低开始，然后男高、女中、女高依次进入，音域逐渐扩大，音响逐渐加浓，最后汇成一股巨大的音流，它仿佛是千百万民众的汇合。第二部分是一段节奏缩减模仿的对位。主题虽然只是不同节奏的同音反复，但它通过五次上行模进，使音乐达到了戏剧性高潮。对题是主题的节奏缩减模仿，它以“哈利路亚”的唱词应和着乐曲的主题。