第三乐章，F大调，谐谑曲与三声中部。在此，根据奥地利朝圣者的赞美诗所做的三重奏被反复了一次。[6]这种三重奏ABA形式扩充到ABABA的方式，在这个时期相当常见于贝多芬的其它作品中，例如他的《第四交响曲》以及《第八弦乐四重奏》。该乐章的旋律来源于奥地利的民间音乐。贝多芬在这里用了不符合常规的调性转移，从F大调直接进入了A大调。三声中部中，小提琴占主导地位，单簧管和双簧管分别演奏一个明亮的、乡土味的旋律。圆号在此处有一个由主旋律衍生出的乐句。节奏上的不稳定也给听众带来耳目一新的感受。