第二幕，第九景，世界各地智者，为了解决日夜不调所引起的民生疾苦，纷纷前来加入萨拉斯妥，群聚苦思解决之道。萨拉斯妥告知他们，由于一个年轻王子的来到，日夜圆融可期。因为帕米娜怀有启动阴，也就是夜的月轮，和大日轮结合，日夜循环就恢复了。塔米诺年龄出身足以和帕米娜相配，同时他具有美德，既勇敢又仁慈，当王子通过测验后，也就是他让贤的时候。世界秩序将由年轻的一对来重建。由于测验非凡人肉身所能承受，萨拉斯妥向天神祝祷，祈求赐给力量。祈祷后，为激励塔米诺，大祭司使唤帕米娜来和王子一见。帕米娜苦求王子不要接受这凡身无法通过的试验，然而王子已下了决心。第十景，两位祭司前来为塔米诺和帕帕基诺作测验的准备。王子一心只想救出公主，意志非常坚定。捕飞鸟侠则是不情不愿的。祭司说：“想不想要一个帕帕基娜呀？”帕帕基诺才勉强留了下来。俩位祭司离去后，三个侍女从地底钻出来，要塔米诺和帕帕基诺跟着她们离开。因为这个考验并不是凡身所能承受，恐有性命之忧。但塔米诺不为所动。三个侍女的动静被发现后，祭司召来大雷把她们轰回了地底。两位祭司进来恭喜塔米诺和帕帕基诺，测验通过了。第十一景，在萨拉斯妥后花园里，美丽的帕米娜公主在花丛中睡着了。不死心的摩罗蹑手蹑脚的进来。看到帕米娜的美睡姿，又起心想偷吻公主，却被突然现身的夜后吓得躲了起来。夜后认为塔米诺受了萨拉斯妥的影响，已经背叛了她。大怒地拿出一把银匕首来，要帕米娜杀了大祭司，不然母女永远不会团圆。自从大日轮到了萨拉斯妥的手上之后，夜后的法力渐渐消退。然而公主却不认为这是背叛。因为她死去的父亲，生前非常认同萨拉斯妥的理想，一度想要加入他的司祭团。夜后呼唤了复仇之神后，怒气冲冲的离去。在一旁窃听的摩罗立即跑出来威胁公主，被萨拉斯妥斥退。帕米娜向萨拉斯妥求情，请他放过她的母亲。大祭司说：他知道夜后及其随从正潜入了地底，四处找寻复仇的机会，但是她们不会得逞的。他也不会以报复的方式去对待她们。因为在这些圣殿内部，只有爱和宽恕才能使人类得救，进入更好的国度。必须饶恕敌人，不喜欢此教义者，便不配有做人资格。第十二景，塔米诺和帕帕基诺的第二个测验是沉默。捕飞鸟侠不理王子一再的提醒，直吵着要喝水，就来了一个样子丑陋的小老太婆，拿了一杯水给他，又说她芳龄十八，有一个男朋友名叫帕帕基诺，捕飞鸟侠正错愕间，一声大雷轰走了她，也叫帕帕基诺吓破了胆。这时三位仙童把被祭司收走的魔笛和魔铃带来，又送了一桌酒菜，帕帕基诺酒醉饭饱之余，聒噪不休。塔米诺则吹着魔笛，心里想着公主。帕米娜循笛声到来，见到塔米诺就满心欢喜，然而王子却因正受第二个测验而无法与她对谈，而爱说话的帕帕基诺在这时不光是吃了满嘴的饭菜，又偏偏想起之前的大雷声，也无法答应公主的话。沉默让帕米娜以为王子变了心，伤心而去。第十三景，在道场里，萨拉斯妥和众智者感谢天神让塔米诺通过了头两个考验。接下来就是危险的火水考验。第十四景，虽然没有通过第二次考验，然而帕帕基诺漫不在乎，祭司告诉他已经没了加入日之界最高层的希望，不过天神懒得罚他了。乐天的捕飞鸟侠只吵着要喝酒，因为这些有关世界什么的话，还不如一杯好酒来得实在。帕帕基诺被留在洞穴里，也得了一大杯酒。喝得兴起，唱起酒歌来，但恨没有女人作伴。那位被大雷轰走的小老太婆又出现了，并说如果帕帕基诺不答应娶她，那他就终生出不了这里，捕飞鸟侠勉强答应了。小老太婆现出本相来，原来是一个年轻可爱的小姐儿且身穿捕鸟装，名叫帕帕基娜。俩人正要相拥，祭司出现强拉走了帕帕基娜。第十五景，伤心欲绝的帕米娜公主，以为永远见不到塔米诺了，想要用夜后给她刺杀萨拉斯妥的银匕首自杀。三位仙童及时到来，告诉公主王子没有变心，为了对人类的大爱，塔米诺已把自身性命置之度外。第十六景。在面对火和水的考验时，帕米娜及时赶到，愿和王子死生与共。魔笛本是帕米娜之父采千年古木，在二个电闪雷鸣，风雨交加的特殊时辰制成。只要吹着它，任何危险都可安然度过。在帕米娜的陪伴下，塔米诺吹起魔笛，通过了火与水的考验，脱胎换骨，成为日之男的一份子。第十七景，帕帕基诺四处的找寻帕帕基娜不果，最后决定使用苦肉计，希望可感动天神还他帕帕基娜。他试着以上吊来博取同情，可惜无效。幸好三位仙童又及时的来到，并教他使用魔铃，果不其然的叫出了帕帕基娜。共结连理，作一对快活的人间夫妻。第十八景，摩罗恼羞成怒，便去游说夜后。夜后答应将帕米娜公主赏赐给他，条件是带领她们一行人从地底密道进入萨拉斯妥神殿里，好把七环大日轮抢回，从而以她的方式来统治世界。在进到地底不久摩罗误触机关，这条密道就永远封了起来。第十九景，在神殿里，萨拉斯妥把大日轮传给了塔米诺。从此阴阳和谐，世界的秩序也恢复了。