第三乐章G大调。急板，2/2拍。第三乐章是一首辉煌宏大的五声部赋格，中提琴，小提琴，大提琴先后在各自声部中呈示主题，最后呈示的是两支直笛。随后独奏小提琴以自由华丽的旋律进入，同时两支直笛开始展开密接合应（密接合应指的是在一个声部还没有演奏完主题，例如演奏到第2小节的时候，另一个声部就进入，同时演奏同样的主题。密结合应被认为是赋格写作当中最困难的技法之一），独奏小提琴一直在演奏着华彩性的旋律。弦乐队再次呈示主题后，对主题和答题作了变化，独奏小提琴随后延伸了这种变化，再次给出了华彩。 主题和答题不断出现在直笛，弦乐队和羽管键琴的音乐当中，而独奏小提琴也不时加入，或者演奏变化多端的华彩性的旋律，主题按照巴赫擅长的种种奇妙的发展方法，不断给人以惊喜。全曲结束于热烈欢畅的齐奏当中。