历史上捕捉猎杀过度，野生数量极少，野生梅花鹿在中国已是高度濒危动物，总数量不到1000只。华北亚种和山西亚种已经灭绝，华南亚种在安徽、浙江与江西的边界有大约400只，在广西有不到100只。四川亚种在四川北部和甘肃南部有大约500只。东北亚种可能已灭绝。台湾亚种原本已经灭绝，不过后来将驯养的种群野化并释放，现有大约200只。